多聚腺苷酸(poly(A))由100-500 kDa的腺嘌呤(A)核苷酸序列组成,是一种以冻干形式存在的均聚物。
结构上它与poly(A)尾(位于大多数成熟mRNAs 3'端,约50 - 250个腺嘌呤残基的内源性延伸)相同,在真核、原核细胞和各种病毒中普遍存在。
真核生物的poly(A)尾是由poly(A)聚合酶在细胞核中聚腺苷酸化合成的,这一加尾反应对转录终止、mRNA稳定性、向细胞质的输出及翻译效率都十分重要。此外,异常多聚腺苷酸化与导致人类疾病的蛋白表达异常有关。
自20世纪70年代首次报道poly(A)尾以来,合成的poly(A)已被证明用途广泛,可用于:
1、PCR扩增前增强生物样品中DNA的提取效率
poly(A)在固相和微流基二氧化硅提取中用作载体分子,可显著提高从微量生物样品中沉淀法提取DNA的效率。[1-2]
2、PCR扩增前增强生物样本(病毒)RNA的提取效率
poly(A)可被添加到RT-qPCR或ddPCR (ddPCR)扩增前,临床SARS-CoV-2病毒样本RNA的提取缓冲液中。[3]基于CRISPR提取病毒RNA的新型诊断方法已开发并商业化,这些方法更快、更灵敏、并可快速用于新出现的病毒诊断。[4-5]
3、重悬冻干gBlocks
Poly(A)可重悬含有双链(对照)DNA的冻干gBlocks,用于ddPCR试验的验证。[6]
4、部分抑制Exo1的外切酶活性
在DNA双链断裂后,聚ADP -核糖(PAR)被合成,与Exo1结合,介导早期末端切除并抑制其外切酶活性。研究表明,Poly(A)在体外只部分抑制Exo1的外切酶活性。[7]
5、研究与mRNA腺嘌呤残基相互作用的小分子的药理活性,为核酸靶向药物的开发提供思路。
研究发现,三种小的异喹啉类生物碱(珊瑚碱、黄连素和巴马汀)与Poly(A)具有较高的亲和力。如黄连素通过与DNA TATA框和poly (A)尾同时相互作用可调节基因表达。[8]
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参考文献
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- Kishore, R., Reef Hardy, W., Anderson, V. J., Sanchez, N. A., & Buoncristiani, M. R. (2006). Optimization of DNA extraction from low-yield and degraded samples using the BioRobot EZ1 and BioRobot M48. Journal of forensic sciences, 51(5), 1055–1061.
- Yu, F., Yan, L., Wang, N., Yang, S., Wang, L., Tang, Y., Gao, G., Wang, S., Ma, C., Xie, R., Wang, F., Tan, C., Zhu, L., Guo, Y., & Zhang, F. (2020). Quantitative Detection and Viral Load Analysis of SARS-CoV-2 in Infected Patients. Clinical infectious diseases: an official publication of the Infectious Diseases Society of America, 71(15), 793–798.
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- Miyaoka, Y., Berman, J. R., Cooper, S. B., Mayerl, S. J., Chan, A. H., Zhang, B., Karlin-Neumann, G. A., & Conklin, B. R. (2016). Systematic quantification of HDR and NHEJ reveals effects of locus, nuclease, and cell type on genome-editing. Scientific reports, 6, 23549.
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